Le fond de peuplement est cependant constitué de
Bantous, assujettis et islamisés par des minorités arabes venues,
du Xe siècle au XVIe siècle, du sud de l'Arabie et de
Zanzibar. Ces « nobles » créèrent de petites villes
côtières; des esclaves cultivaient leurs domaines, alors qu'une
partie des premiers occupants se réfugiait dans les Hauts. Unifié à
Anjouan et à Mohéli, le pouvoir était, à la Grande Comore,
morcelé entre douze sultanats sans cesse en conflit.
Au XVIe siècle, les Portugais prirent
temporairement le contrôle des Comores.
Au XVIIe siècle, les navigateurs européens,
en route vers les Indes, prirent l'habitude de faire escale aux
Comores.
Au XIXe siècle, des Malgaches s'établirent à Mohéli. Partout, des aventuriers européens accaparèrent une bonne
part des terres, les exactions des planteurs provoquant des révoltes.
La France dut intervenir, mais elle ne remit pas en cause les
spoliations foncières.
En 1841, les Français prirent le contrôle de
l'archipel; un traité officialisa en 1843 le rattachement de Mayotte
aux possessions françaises de l'océan Indien. De 1865 à 1886, la
France établit son protectorat sur l'archipel. Les planteurs de
plantes à parfum (jasmin, ylang-ylang) possédaient près de la
moitié de la Grande Comore, 40 % d'Anjouan, 20 % de
Mohéli. Peu à peu, beaucoup de terres furent rétrocédées. En
1946, l'archipel put envoyer des députés au Parlement français. À
l'issue du référendum de 1958, le statut de territoire d'outre-mer
fut choisi. Le nationalisme ne se manifesta vraiment qu'en 1972 et
aboutit à l'organisation d'un référendum, le 22 décembre 1974,
qui remporta 95 % de « oui » dans l'ensemble de l'archipel, excepté
à Mayotte où le « non » l'emporta. Avec bien des difficultés,
Mayotte fut rattachée à la France dont elle devint une collectivité
territoriale. Le 6 juillet 1975, Ahmed Abdallah, grand commerçant
d'Anjouan, proclama unilatéralement l'indépendance des Comores et,
le 8, fut élu président.
Les Comores ont connu une succession de régimes et
de coups d'État, dans lesquels des mercenaires français ont le plus
souvent joué un rôle essentiel: renversement du « père de
l'indépendance », le président Ahmed Abdallah en août 1975;
en 1978, renversement de son successeur, le président Ali Soilih,
par un coup d'État d'Ahmed Abdallah soutenu par des mercenaires
français et sud-africains; assassinat d'Ahmed Abdallah en 1989. Des
élections générales portèrent alors à la tête de l'État, Saïd Mohamed Djohar (ou Johary), mais celui-ci, âgé et versatile, dut
quitter le pouvoir en septembre 1995 après une nouvelle
invasion de l'île par des mercenaires français. En 1992, une
nouvelle Constitution fut approuvée par référendum. En septembre
1995, le mercenaire français «Bob» Denard tenta un nouveau coup
d'État, qui fut mis en échec par l'armée française.
En mars 1996, Mohamed Taki Abdoulkarim accéda
à la présidence de la République dans un climat politique
incertain. En proie à une grave crise économique, Anjouan et Mohéli
proclamèrent unilatéralement leur sécession de la République
fédérale des Comores en août 1997 et demandèrent leur
rattachement à la France. En mai 1998, le président M.
Taki dut faire face au mécontentement général et procéda à la
destitution du Premier ministre, Nourdine Bourhane, et à la
constitution d'un nouveau gouvernement. La mort brutale du président
en novembre amena Tadjidine ben Saïd Massounde au pouvoir. Chargé
d'assurer l'intérim jusqu'à la tenue des prochaines élections
présidentielles, ce dernier avait déjà été nommé Premier
ministre en 1996 et président du Haut Conseil de la République
des Comores, par M. Taki. 
Le tombeau du premier sultan d'Anjouan à Domoni.
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