La plus ancienne, Mayotte, commence à s'enfoncer dans l'océan. Sa barrière de corail laisse encore deviner la forme qu'elle avait... il y a quelques millions d'années. La passe en S, sur la côte Est, est en fait ce qui reste d'une ancienne rivière. D'une cinquième île, ne reste plus qu'un récif corallien qui affleure à peine la surface de l'eau : le Banc du Geyser, situé entre Mayotte et Madagascar. Grande Comore est la plus récente et son volcan, le Karthala est encore actif. C'est le volcan qui a le plus grand cratère au monde. Mayotte, Mohéli, Anjouan et la Grande Comore sont géographiquement inégalement développées, suivant l'ancienneté de leur apparition, entre le miocène et le quaternaire. Mohéli est constituée d'un plateau de basaltes recouverts de tufs; Anjouan (1 595 m à son point culminant) est un massif évidé avec des crêtes aiguës. La Grande Comore a un volcanisme actif et, du fait de la perméabilité des jeunes basaltes, manque d'eaux de surface. Le volcanisme récent vaut à ces îles des sols de qualité, mais l'érosion est importante , notamment à Anjouan où le phénomène est accentué par l'activité humaine et la déforestation.
A Anjouan et Mohéli, le récif corallien est en fabrication, offrant quelques jolis spots. Les trois îles des Comores indépendantes ne disposent pas de barrière de corail. Celle-ci ne verra le jour que dans quelques milliers d'années. La situation de l'archipel au milieu du Canal du Mozambique en fait un endroit stratégique, mais également un lien d'échanges commerciaux et culturel, expliquant le brassage que l'on peut observer sur les quatre îles.
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